在蛋白質純化過程中，必須時刻注意幾個問題。
首先，提純過程中始終要控制PH值，盡量避免由于過酸或過堿而引起蛋白質的不可逆變化。
緩沖液要有合適的PH值，又要對蛋白質無害。
在提純植物和菌類的蛋白質時，通常需要較大的緩沖容量，這時就要注意緩沖液的濃度，同時還要注意緩沖液的組分是否合適，會不會產生副反應等。
含硫基的蛋白質特別容易被氧化，因此，要維持一個還原環境?？杉尤胍恍┖辛蚧倪€原劑，并使整個體系保持無氧狀態，以解決此問題。
但在有些情況下，加入的硫基化合物可能會抑制蛋白質的活力。
提純過程中，通常要保持低溫，因為細胞內有蛋白水解酶存在，這種酶在組織勻化后處于活化狀態，能降解蛋白質。
因此必須保持低溫來降低水解酶的作用。
但要注意，有時低溫又能使某些酶的四級結構遭到破壞，一般情況下，蛋白質在0°時比較穩定，但丙酮酸羧 化酶對冷敏感，25°時穩定。有些酶則需在-20°或-70°下穩定活性。
蛋白質純化過程中一個Z大的問題是在整個純化過程中，蛋白質或多或少地總是要受到與生理狀態極不相同的溶液環境的有害影響，這一點對其功能在活細胞內受高度控制的蛋白質來說是非常值得注意的。
相反，有些蛋白質卻能適應較大的環境變化，而不改變其結構和功能。
此外，還要一些常用的方法可有效地減少蛋白質變性。
要注意的另一個因素是：在提純過程中即使很小心，蛋白質也會發生結構上的變化，因此，提純后的蛋白質，即使其活力基本上得以保留，它的構象也可能不同于天然構象或完整功能的構象，在這種情況下，在生物體外測得的蛋白質的性質未必能準確地反映這些大分子在活體內的性狀。
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